NCMS和医疗保险的区别主要体现在四个方面：

1、新农合主要面向农村户口，医保主要面向城镇居民和企业职工；

2.新型农村合作医疗支付的费用普遍低于医疗保险；

3.NCMS可以报销的医疗目录比医疗保险少。

4.乡镇卫生院NCMS报销比例较高，市级医院医保报销比例较高。