商业医疗保险免赔额是指投保人/被保险人与保险公司在投保时事先约定。保险事故发生后，保险标的损失金额在约定金额内的，投保人/被保险人自行承担相应损失，保险公司只对超过免赔额的损失承担索赔责任。

扣除可以在一定程度上消除大量小额理赔，从而大大降低保险公司的理赔费用，降低保险公司的运营成本，减少投保人/被保险人支付的保费。