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债券基金的估值方法主要有三种可以选择：成本法、市价法和摊余成本法。成本法主要为用于银行间债券投资的估值，但该方法可能导致基金净值严重偏离公允价值。市价法则主要用于交易所债券，不过，由于收盘价格可能异常且波动频繁，该方法容易降低基金净值的稳定性，不利于引导投资者进行长期、理性的投资。
例如：可能当时基金经理在市场上以90元钱折价买入一个票面价值为100元的债券，这当中便获得了10元的预期年化预期收益，如果该债券是30天到期的话，那么就将10元除以30天，将预期年化预期收益摊销到每一天中。
这种方法在债券市场价格向上走的时候是平安无事的，但是当债券市场价格下跌时，这种方法则可能虚高了债券的净值。再拿上面的例子来说，如果债券价格跌至80元，其实基金已经亏损，但用 “摊余成本法”计算，基金表面上看并没有亏损。而投资者在买卖的时候，却在溢价买入和卖出该基金。
正是由于这种计算方法可能会隐藏风险，因此在“中短债基金”中还存在另一种参考计算方法——“影子定价法”。
影子定价又称“计算价格”、“影子价格”、“预测价格”、“最优价格”。是荷兰经济学家詹恩·丁伯根在本世纪30年代末首次提出来的，运用线性规划的数学方式计算的，反映社会资源获得最佳配置的一种价格。
影子定价就是指基金管理人于每一计价日，采用市场预期年化利率和交易价格，对基金持有的计价对象进行重新评估，即“影子定价”。当基金资产净值与影子定价的偏离达到或超过基金资产净值的0.5%时，或基金管理人认为发生了其他的重大偏离时，基金管理人可以与基金托管人商定后进行调整，使基金资产净值更能公允地反映基金资产价值，确保以摊余成本法计算的基金资产净值不会对基金持有人造成实质性的损害。
基金按照“摊余成本法”和“影子定价”对基金进行估值。影子定价的作用在于为了避免采用摊余成本法计算的基金资产净值与按市场预期年化利率和交易市价计算的基金资产净值发生重大偏离，从而对基金持有人的利益产生稀释和不公平的结果。