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纳税人转让金融商品，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。未开具发票，按未开票收入申报，需要注意的是，金融商品转让不得开具增值税专用发票。
在“增值税纳税申报表附列资料（一）（本期销售情况明细）”中“一般计税方法计税”“6%税率”“开具其他发票”（或者“未开具发票”根据自己开具的发票票种类型进行对应的选择）中填写销售额和销项税额（卖出价），“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”中填写扣除金额（买入价），在核对一下扣除后的“含税（免税）销售额”和“销项（应纳）税额”进行纳税申报。
在“增值税纳税申报表附列资料（三）（服务、不动产和无形资产扣除项目明细）”中“6%税率的金融商品转让项目”填写对应的“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”和“服务、不动产和无形资产扣除项目”中填写对应的数据进行纳税申报。