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1、网上缴费。参保人员可下载“我的南京”APP在智慧人社版块选择“医保缴费”、在“支付宝”的城市服务版块中选择“居民医保缴费”、关注“南京社保”微信公众号选择“我的社保”自助缴费，输入身份证号码及姓名就可缴费。
2、银行柜面缴费。参保人员可凭“身份证”或“市民卡”到工商银行、农业银行、邮储银行、紫金农商银行的任一网点或者到居住村（社区）附近的农行金穗惠农通服务点缴纳居民医保费。
3、银行代扣代缴。参保人员可委托银行进行代扣代缴，即将费用存入本人已建立居民医保代扣关联关系的银行卡中，银行将在每年11月和12月自动扣款。对于今年新参保以及尚未办理银行签约代扣的人员，可至户籍所在地的社保经办机构或通过“南京社保”微信公众号选定一家银行，并携带本人身份证（没有身份证的学生儿童携带户口簿）或市民卡去该银行的任一网点办理签约手续，此后就可以由银行按时自动代扣代缴，不需要个人每年都去银行排队缴费，也可以避免出现个人疏忽错过缴费的情形。已完成缴费的参保人员可凭身份证或市民卡到户籍所在地的街道打印缴费发票。
此外，经相关部门认定属于本市最低生活保障家庭成员、特困供养人员、临时救助对象中的大重病患者、享受民政部门定期定量生活补助费的20世纪60年代精减退职职工、重点优抚对象、享受政府基本生活保障的孤儿、特困职工家庭子女、持有二级以上中华人民共和国残疾人证重度残疾人以及符合上述条件的农村建档立卡低收入人员等困难人员，个人不缴费，由财政全额补助。本市被征地基本生活保障待遇享受人员由其个人账户资金缴纳城乡居民基本医疗保险费，个人账户资金不足支付时，由基本生活保障社会统筹账户列支；被征地老年生活困难补助待遇享受人员参加城乡居民医疗保险个人不缴费，所需缴纳医保费由各级财政负担。
2019年，南京市在全省率先实现城乡居民医保市级统筹，参保市民不再区分城镇和农村户籍，政策待遇不再有任何差异，多年来横亘在城乡居民两项医疗保险制度、不同区之间政策待遇间不平衡、不充分的矛盾得以解决。据统计，2019年将有122万原居民医保和171万原“新农合” 参保人员享受全市统一的城乡居民医疗保险待遇，实现市级统筹，真正实现覆盖范围、筹资政策、保障待遇、医保目录、定点管理、基金管理“六统一”，保障更加公平、管理服务更加规范、医疗资源利用更加有效。